El propósito del Observatorio es generar información sistemática y de calidad sobre distintos componentes y dimensiones de la salud y los derechos sexuales y reproductivos que permita identificar avances, problemas y desafíos en el acceso y garantía de estos derechos en la población uruguaya. La información y el conocimiento que se genera permite desarrollar estrategias de incidencia política y social, más pertinentes y oportunas, destinadas hacia distintos actores de la sociedad uruguaya, incluidos aquellos que tienen la responsabilidad de la toma de decisiones y su implementación. Desde su inicio el Observatorio cuenta con el apoyo de UNFPA y, a partir de 2011, OPS-OMS y ONUMUJERES sumaron sus esfuerzos de cooperación a esta iniciativa. En el año 2009 el Observatorio fue declarado de interés por parte del Ministerio de Salud Pública.